El papa tuvo cierta influencia en el desarrollo del conflicto. Así, a petición de Carlos V, León X había firmado el 5 de febrero de 1521 un breve que prohibía al cabildo de Toledo proceder a la elección de arzobispo, anulada la elección en caso de que la votación se hubiera realizado antes de
la notificación del breve y reservaba explícitamente al papa la facultad de designar al nuevo prelado.
Con ello impedía el nombramiento del obispo Acuña como máximo líder religioso en España.